Luomuhunaja on luonnontuote kuten hunaja aina, mutta sen tuotannossa kiinnitetään erityistä huomiota luonnolliseen puhtauteen. Luomuhunajaa tuottaessa mehiläispesät tulee sijoittaa riittävän kauaksi teollisuudesta, asutuskeskuksista ja valtateistä. Mesi on kerättävä pääasiassa villikasveista tai luomuviljellyistä kasveista. Mehiläisten ruokinnassa saa käyttää vain luomusokeria tai –hunajaa.